دکتر افشار جعفری ، به عنوان عضو هيات علمی دانشگاه شهيد بهشتی، فعاليت‌های آموزشی-پژوهشی خود را در حوزه فيزيولوژی ورزشی سلولی-مولکولی با تأکيد بر زمينه‌های کاربردی از سال 1377 (به عنوان بورسيه و عضو هيات علمی دانشگاه تبريز) شروع کرد.

تجربيات و حوزه تخصصی ايشان در زمينه‌های مرتبط با ژنتيک، پاسخ‌‌ها و سازگاری‌های متابوليک، و تغذيه مبتنی بر نظريه‌ استرس اکسايشی و پيامدهای التهابی می‌باشد.

در اين راستا، علاقمندی و فعاليت‌های پژوهشی منتشر شده از ايشان شامل: بررسی‌های ژنتيکی و اپي‌ژنتيکی (بويژه تغييرات ميتوکندريايي با تأکيد بر پيری و بيماری‌های استحاله ای مزمن، پاسخ ورزشی در محيط‌های فشارآفرين و استعداديابی ژنومی)، مطالعات مربوط به اثرات تمرينات بدنی با و بدون مکمل‌های خوراکی (بويژه مکمل‌های طبيعی) بر پاسخ‌های سلولی-مولکولی (از جمله تعديل آپوپتوز) و بررسی‌های پژوهشی در حوزه سلامت (بويژه پيری، چاقی، بيماری‌های قلبی- عروقی، ديابت و بيماری‌های متابوليکی وابسته به ميتوکندری) است.

به علاوه، بخشی از فعاليت‌های پژوهشی دکتر افشار جعفری مربوط به بررسی جنبه‌های فيزيولوژيک و سلولی-مولکولی رشته‌های ورزشی از جمله فوتبال، هندبال، واليبال، بسکتبال، وزنه‌برداری، شنا، ايروبيک، کشتی، کاراته و تکواندو، کوهنوردی، صخره نوردی، بدمينتون، بدنسازی پيشرفته به منظور بهبود عملکرد ورزشی ورزشکاران در سطوح مختلف می‌باشد.